1864年，幕末的京都。15岁的刽子手拔刀斋干净利落的执行着“天诛”的任务。“虽然我们无怨无仇，但为了新时代，只好要你们死！”一次暗杀京都所司代重倉十兵衛时，被一个武功并不怎么样的青年在脸颊上划出一道伤痕。也许是因为这个青年强烈的求生意志吧，“附着怨念的伤很难好的”。
接下来就是宿命的相遇：在酒馆外的小巷，拔刀斋遭遇狙击。杀死对手之际，鲜血溅上了路过的雪代巴白色的衣襟。雪代巴却没有惊骇的表情，只是幽幽的说着： 你总是带来——腥风血雨呢……
血腥味中的白梅香。这一次拔刀斋没有杀人灭口，而是把昏迷的阿巴带到了维新志士在京都的落脚处——小荻屋。自称无处可去的阿巴留了下来。“如果当时我有刀在手，你会不会杀我呢？”剑心的答案是——不会，无论任何情形我也不会杀你。
池田屋事变后，维新力量遭到重创，京都成为新撰组大开杀戒之所。为保存实力，桂安排剑心和阿巴到郊区农舍假扮夫妻暂住。平静温馨的田园生活把两个人的距离更加拉近了。阿巴终于说出了自己的身世。原来她的未婚夫清里在京都被杀，因为后悔当初未能阻止其成行她才来到京都。
她没有说的是杀死清里的就是刽子手拔刀斋，而她参与了针对拔刀斋的暗杀计划，被安排在其身边寻找弱点。爱与恨只有一线之隔。现在阿巴只希望能够和剑心一起守护两人的小小幸福。但是一直伺机而动的敌人已经在结界森林布下了修罗场。“如果拔刀斋没有弱点，我们就帮他制造一个。你，就是他现在最大的弱点。”
被告知阿巴就是内奸的拔刀斋遭到了沉重的打击。向结界森林一路寻去，朝着一个个敌人挥剑，心中却只有阿巴的身影。终于拖着重伤的身体到了最后一关，六感都丧失了，仅凭着要再见阿巴的念头和本能支撑着。在看来没有胜算的时候，已经做好了同归于尽的准备挥出最后一剑。但，斩过敌人的同时，这一剑也刺穿了在前面护住自己的阿巴的身体。
为了保护所爱的人，死在爱人的手里，对于阿巴来说，是死而无憾了吧？但，对于活下来的剑心呢。阿巴的匕首在清里留下的伤疤上划过，剑心脸上留下了十字伤，心中也留下了永远的混合着血腥味的白梅香。
就是在那一刻起下的决心吧——他会好好的活下去，但是，在新时代，决不再杀人。飞天之剑，将只为保护生命而挥。这是对阿巴，也是对所有死在剑下的亡灵的承诺。
